Nam Bộ vốn trước kia là lãnh thổ của nước Phù Nam và Chân Lạp.
Năm 1623 chúa Nguyễn chính thức yêu cầu triều đình Chân Lạp để cho dân Việt mở rộng địa bàn khai phá trên những vùng đất thưa dân và để quản lý, chúa Nguyễn lập ở Pray Kor (vùng Sài Gòn ngày nay) một trạm thu thuế. Vua Chân Lạp đã chấp thuận đề nghị này . Vào thời điểm đó cư dân Việt đã có mặt ở hầu khắp miền Đông Nam Bộ và Sài Gòn.
Thời chúa Nguyễn và nhà Tây Sơn, vùng đất này là xứ Gia Định (Gia Định thành), mới được khai khẩn từ thế kỷ 17. Năm 1698, xứ Gia Định được chia thành 3 dinh: Phiên Trấn, Trấn Biên và Long Hồ.
Vua Gia Long nhà Nguyễn gọi vùng này là Gia Định Thành, bao gồm 5 trấn: Phiên An (địa hạt Gia Định), Biên Hòa, Vĩnh Thanh (tức là Vĩnh Long và An Giang), Định Tường và Hà Tiên.
Năm 1834, vua Minh Mạng gọi là Nam Kỳ.
Tháng 12 năm 1845 ba nước An Nam (Việt Nam), Xiêm (Thái Lan) và Miên (Campuchia) đã ký một Hiệp ước, trong đó thừa nhận 6 tỉnh Nam Kỳ thuộc Việt Nam. Năm sau, triều Nguyễn và Xiêm lại ký một Hiệp ước có nhắc lại điều đó. Đây là Hiệp ước mà sau này Cao Miên cũng tham gia. Như vậy muộn nhất là đến năm 1845 các nước láng giềng với Việt Nam, trong đó có cả Camphuchia đã ký các văn bản pháp lý chính thức công nhận vùng đất Nam Bộ là của Việt Nam.
Năm 1859, Pháp đánh chiếm thành Gia Định, mở đầu cuộc xâm lược đất Việt Nam.
Năm 1862, ngày 13 tháng 4, triều đình Huế cắt 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ (Biên Hòa, Gia Định và Định Tường) nhượng cho Pháp.
Năm 1867, Pháp đơn phương tuyên bố toàn bộ 6 tỉnh Nam Kỳ là lãnh địa của Pháp. Từ đó, Nam Kỳ được hưởng quy chế thuộc địa, với chính quyền thực dân, đứng đầu là một thống đốc người Pháp.
Hiệp ước Quý Mùi (25 tháng 8 năm 1883) nhập thêm tỉnh Bình Thuận vào Nam Kỳ (thuộc địa Pháp) coi như trừ số tiền bồi thường chiến phí còn lại mà triều đình Huế chưa trả hết, nhưng năm sau, Hiệp ước Giáp Thân (6 tháng 6 năm 1884) lại trả tỉnh Bình Thuận về cho Trung Kỳ.
Năm 1887, Nam Kỳ trở thành một vùng lãnh thổ nằm trong Liên bang Đông Dương. Năm 1933, quần đảo Trường Sa được sáp nhập vào Nam Kỳ thuộc Pháp.
Tháng 3 năm 1945 Thống sứ Nhật Nashimura đổi Nam Kỳ thành Nam Bộ.
Năm 1945, thời Đế quốc Việt Nam với chính phủ Trần Trọng Kim tuyên bố sáp nhập Nam Kỳ lại thành một bộ phận của nước Việt Nam độc lập.
Thực dân Pháp nổ súng ở Sài Gòn ngày 23 tháng 9 năm 1945 rồi dần dần đánh rộng ra chiếm lại Nam Bộ. Chính phủ Nam Kỳ quốc được thành lập theo hậu thuẫn của Pháp. Ngày 22 tháng 5 năm 1949, Quốc hội Pháp chính thức bỏ phiếu thông qua việc trả Nam Bộ cho Việt Nam. Nam Bộ trở thành lãnh thổ nằm trong Quốc gia Việt Nam.