Khởi nghĩa Yên Thế là một cuộc đối đầu vũ trang giữa những người nông dân ly tán tại vùng Yên Thế Thượng và sau đó là Thái Nguyên, đứng đầu là Hoàng Hoa Thám, với quân Pháp, khi Pháp vừa kết thúc chiến tranh với Trung Quốc và bắt đầu kiểm soát toàn bộ vùng Bắc kỳ những năm cuối thế kỷ 19 trong lịch sử Việt Nam.
Nhiều học giả nhận định ba nguyên nhân dẫn đến cuộc khởi nghĩa:
Trong hai năm (1893 – 1895) quân Pháp đã tập trung lực lượng để đàn áp cuộc khởi nghĩa Yên Thế, Pháp không từ một thủ đoạn nào, từ phủ dụ đến bao vây tàn sát. Hoàng Hoa Thám bằng chiến thuật du kích tài tình đã tránh được mũi nhọn của quân Pháp và đã gây cho họ những tổn thất nặng nề.
Ngày 29 tháng 1 năm 1909, Thống sứ Bắc Kỳ đã huy động 15.000 quân chính quy và lính khố xanh, 400 lính dõng là một lực lượng lớn nhất từ trước tới lúc đó do Đại tá Bataille chỉ huy tổng tấn công vào căn cứ Yên Thế.
Đề Thám vừa tổ chức đánh trả, vừa phải rút lui khỏi Yên Thế. Nghĩa quân bị tổn thất nặng, trong đó có con trai của ông là Cả Trọng bị tử thương. Sau khi thoát khỏi vòng vây, ông chỉ huy lực lượng còn lại phối hợp với các toán nghĩa quân đang có mặt ở Vĩnh – Phúc Yên tiến hành một cuộc vận động chiến, thôn trang chiến nổi tiếng, gây cho quân Pháp nhiều thiệt hại trong tháng 7-1909. Đầu tháng 8-1909, Lê Hoan được tung vào chiến trường. Đề Thám vừa đánh vừa lui về núi Sáng trên dãy Tam Đảo và đánh thắng một trận quan trọng ở đây. Kể từ khi bà Ba Cẩn và con gái út của ông là Hoàng Thị Thế bị bắt, lực lượng nghĩa quân giảm sút dần và tới đầu năm 1910 bị tan rã. Đề Thám phải sống ẩn náu trong núi rừng Yên Thế cùng hai thủ hạ tâm phúc.
Khởi nghĩa Yên Thế chấm dứt vào năm 1913.