Ban đầu chỉ là cuộc chạy nạn vào đất Thuận Hóa – Quảng Nam của chúa Nguyễn Hoàng nhằm thoát khỏi sự nghi kị của ông anh rể Trịnh Kiểm, chắc ít ai lúc đó ngờ rằng đây sẽ không những là chương đầu tiên của một thời kỳ nội chiến mới trong lịch sử Việt Nam mà nó còn đánh dấu cuộc Nam tiến của người Việt.
Ban đầu, cả thế lực họ Trịnh và họ Nguyễn đều “phù Lê diệt Mạc” để hiệu triệu lòng người và thề trung thành với vua Lê. Sau khi nhà Mạc bị tiêu diệt, trên danh nghĩa thì giang sơn đều thuộc về vua Lê, nhưng trên thực tế hai nhà Trịnh-Nguyễn đều nắm thực quyền và tạo thế lực cát cứ như 2 nước riêng biệt.
Cuộc nội chiến Trịnh-Nguyễn diễn ra vào thế kỷ 17 giữa nhà Trịnh cát cứ Đàng Ngoài (miền Bắc VN ngày nay) và nhà Nguyễn cát cứ Đàng Trong (miền Trung và một phần của miền Nam Việt Nam ngày nay). Cuộc chiến này được coi là bất phân thắng bại, lâm vào thế bế tắc trong một thế kỷ không có giao tranh, cho đến khi tái diễn vào năm 1774 dẫn đến sự nổi lên của triều Tây Sơn.